Kwestia jej pochodzenia jest różnie przedstawiana w mitach. Według jednego z nich Afrodyta nie miała rodziców i pewnego dnia wyłoniła się z piany morskiej w pobliżu Cypru. Nieco inaczej przedstawiał to Hezjod, który w Teogonii pisał, że kiedy odcięte sierpem genitalia Uranosa (pokonanego przez Kronosa, gdy roztaczał się nad Gają jak niebo nad ziemią) wpadły do morza w pobliżu Cypru, woda otoczyła je białą pianą, z której następnie wyłoniła się przepiękna Afrodyta. Pływała po morzu w muszli, zatrzymując się u brzegów Kytery, a następnie Cypru. Druga z tych wysp stała się jej ulubionym miejscem. Na jej brzegu czekały na nią Charyty: Eufrosyne, Aglaja i Talia, które od tego momentu towarzyszyły jej i służyły. To właśnie Cypr stał się głównym miejscem kultu bogini.